Terbentuknya PTUN Makassar (dahulu Ujung Pandang) tidak dapat dilepaskan dari proses pembentukan PERATUN di Indonesia, yang berawal dari lahirnya Undang-Undang No. 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara yang diundangkan tanggal 29 Desember 1986, namun peradilannya baru dibentuk dan beroperasi setelah lima tahun kemudian. Hal mana disebutkan dalam Bab VII Pasal 145 beserta penjelasannya yang berbunyi sebagai berikut :
“Lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara ini merupakan lingkungan peradilan yang baru, yang pembentukannya memerlukan perencanaan dan persiapan yang matang oleh Pemerintah mengenai prasarana dan sarana baik materiil maupun personil. Oleh karena itu pembentukan pengadilan di lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara tidak dapat dilakukan sekaligus tetapi secara bertahap. Setelah Undang-undang ini diundangkan, dipandang perlu Pemerintah mengadakan persiapan seperlunya. Dan untuk mengakomodasikan hal tersebut maka penerapan Undang-Undang ini dilakukan secara bertahap dalam waktu selambat-lambatnya lima tahun sejak Undang-Undang ini diundangkan diatur dengan Peraturan Pemerintah”.
Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) Makassar (dahulu Ujung Pandang) dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 52 Tahun 1990 tanggal 30 Oktober 1990. Pengadilan TUN Makassar (dahulu Ujung Pandang) merupakan salah satu dari 5 (lima) pengadilan tingkat pertama yang pertama kali dirintis dalam lingkup Peradilan tata Usaha Negara, yaitu antara lain Pengadilan TUN Jakarta, Pengadilan TUN Medan, Pengadilan TUN Palembang dan Pengadilan TUN Surabaya.
Pengadilan TUN Makassar (dahulu Ujung Pandang) secara resmi beroperasi pada tanggal 14 Januari 1991 berdasarkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 7 Tahun 1991 tentang Penerapan Undang Undang Nomor 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara.
Perlu pula diketahui bahwa penerbitan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 7 Tahun 1991 tanggal 14 Januari 1991 tentang Penerapan UU Nomor 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara tidak hanya merupakan landasan opersional Pengadilan TUN Makassar, tetapi juga merupakan landasan operasional ke-5 Pegadilan TUN yang dirintis untuk pertama kalinya sebagaimana tersebut di atas. Untuk menandai tonggak sejarah tersebut maka tanggal 14 Januari dijadikan sebagai HUT Peratun yang diperingati setiap tahun oleh jajaran PERATUN di seluruh Indonesia.
Pada awalnya Pengadilan TUN Makassar (dahulu Ujung Pandang) beroperasi atau berkantor pada gedung yang sama dengan Pengadilan Tinggi TUN Makassar yang beralamat di Jl. Andi Pangerang Pettarani No. 45 Makassar. Dan baru pada tanggal 26 Desember 1992 diresmikan gedung baru Pengadilan TUN Makassar oleh Menteri Kehakiman RI Bapak Ismail Saleh, SH., yang terletak di Jl. Raya Pendidikan No.1 Makassar.
Pada awalnya Wilayah Hukum (wilayah kerja) Pengadilan TUN Makassar meliputi 10 Provinsi, yaitu:
1. Provinsi Bali
2. Provinsi Nusa Tenggara Barat
3. Provinsi Nusa Tenggara Timur
4. Provinsi Timor Timur
5. Provinsi Sulawesi Selatan
6. Provinsi Sulawesi Tengah
7. Provinsi Sulawesi Tenggara
8. Provinsi Sulawesi Utara
9. Provinsi Maluku
10. Provinsi Irian Jaya
Namun dari tahun ke tahun Wilayah Hukum (wilayah kerja) Pengadilan TUN Makassar menjadi berkurang dan sekarang hanya khusus Provinsi Sulawesi Selatan dan Provinsi Sulawesi Barat, hal ini terjadi karena pada setiap provinsi telah dibentuk Pengadilan TUN.
